TY - JOUR AU - Ågren, J. A. AU - Wright, S. I. PY - 2015 DA - 2015// TI - Selfish genetic elements and plant genome size evolution JO - Trends Plant Sci VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tplants.2015.03.007 DO - 10.1016/j.tplants.2015.03.007 ID - Ågren2015 ER - TY - JOUR AU - Aziz, R. K. AU - Breitbart, M. AU - Edwards, R. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transposases are the most abundant, most ubiquitous genes in nature JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq140 DO - 10.1093/nar/gkq140 ID - Aziz2010 ER - TY - JOUR AU - Barrón, M. G. AU - Fiston-Lavier, A. S. AU - Petrov, D. A. AU - González-Perez, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Population genomics of transposable elements in Drosophila JO - Ann Rev Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genet-120213-092359 DO - 10.1146/annurev-genet-120213-092359 ID - Barrón2014 ER - TY - JOUR AU - Cordaux, R. AU - Batzer, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The impact of retrotransposons on human genome evolution JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2640 DO - 10.1038/nrg2640 ID - Cordaux2009 ER - TY - JOUR AU - Baidouri, M. AU - Panaud, O. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative genomic paleontology across plant kingdom reveals the dynamics of TE-driven genome evolution JO - Genome Biol Evol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evt025 DO - 10.1093/gbe/evt025 ID - Baidouri2013 ER - TY - JOUR AU - Elliott, T. A. AU - Gregory, T. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Do larger genomes contain more diverse transposable elements? JO - BMC Evol Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12862-015-0339-8 DO - 10.1186/s12862-015-0339-8 ID - Elliott2015 ER - TY - JOUR AU - Finnegan, D. J. PY - 1989 DA - 1989// TI - Eukaryotic transposable elements and genome evolution JO - Trends Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/0168-9525(89)90039-5 DO - 10.1016/0168-9525(89)90039-5 ID - Finnegan1989 ER - TY - JOUR AU - Flot, J. F. AU - Hespeels, B. AU - Li, X. AU - Noel, B. AU - Arkhipova, I. AU - Danchin, E. G. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12326 DO - 10.1038/nature12326 ID - Flot2013 ER - TY - CHAP AU - González, J. AU - Petrov, D. A. ED - Anisimova, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of genome content: population dynamics of transposable elements in flies and humans BT - Evolutionary genomics: statistical and computational methods PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-582-4_13 DO - 10.1007/978-1-61779-582-4_13 ID - González2012 ER - TY - JOUR AU - Hoen, D. R. AU - Hickey, G. AU - Bourque, G. AU - Casacuberta, J. AU - Cordaux, R. AU - Feschotte, C. AU - Fiston-Lavier, A. S. AU - Hua-Van, A. AU - Hubley, R. AU - Kapusta, A. AU - Lerat, E. AU - Maumus, F. AU - Pollock, D. D. AU - Quesneville, H. AU - Smit, A. AU - Wheeler, T. J. AU - Bureau, T. E. AU - Blanchette, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - A call for benchmarking transposable element annotation methods JO - Mobile DNA VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s13100-015-0044-6 DO - 10.1186/s13100-015-0044-6 ID - Hoen2015 ER - TY - JOUR AU - Janicki, M. AU - Rooke, R. AU - Yang, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bioinformatic and genomic analysis of transposable elements in eukaryotic genomes JO - Chromosome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-011-9230-7 DO - 10.1007/s10577-011-9230-7 ID - Janicki2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, Y. C. AU - Langley, C. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster JO - Philos Trans R Soc B Biol Sci VL - 365 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0318 DO - 10.1098/rstb.2009.0318 ID - Lee2010 ER - TY - JOUR AU - Lisch, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - How important are transposons for plant evolution? JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3374 DO - 10.1038/nrg3374 ID - Lisch2013 ER - TY - JOUR AU - Piégu, B. AU - Bire, S. AU - Arensburger, P. AU - Bigot, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - A survey of transposable element classification systems—a call for a fundamental update to meet the challenge of their diversity and complexity JO - Mol Phylogenet Evol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.03.009 DO - 10.1016/j.ympev.2015.03.009 ID - Piégu2015 ER - TY - JOUR AU - Platt, R. N. AU - Blanco-Berdugo, L. AU - Ray, D. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Accurate transposable element annotation is vital when analyzing new genome assemblies JO - Genome Biol Evol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evw009 DO - 10.1093/gbe/evw009 ID - Platt2016 ER - TY - JOUR AU - Schnable, P. S. AU - Ware, D. AU - Fulton, R. S. AU - Stein, J. C. AU - Wei, F. AU - Pasternak, S. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1178534 DO - 10.1126/science.1178534 ID - Schnable2009 ER - TY - STD TI - Smit AFA, Hubley R, Green P. Repeat Masker Open-4.0. (2013–2015) . UR - http://www.repeatmasker.org ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Sabot, F. AU - Hua-Van, A. AU - Bennetzen, J. L. AU - Capy, P. AU - Chalhoub, B. AU - Flavell, A. AU - Leroy, P. AU - Morgante, M. AU - Panaud, O. AU - Paux, E. AU - SanMiguel, P. AU - Schulman, A. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - A unified classification system for eukaryotic transposable elements JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2165 DO - 10.1038/nrg2165 ID - Wicker2007 ER -